Річка Раппаханнок є однією з головних приток Чесапікської затоки, а отже учасник забруднення Чесапікської затоки. Затока внесена до списку порушених через надлишок азоту, фосфору та опадів. Це означає, що річка Раппаханнок погіршується через ці забруднювачі.

Люди ніколи не повинні входити в річку без персонального плавучого пристрою (PFD), схваленого береговою охороною. Річка Раппаханнок за своєю суттю небезпечна не рекомендується плавати.

Про це свідчить нещодавно опублікована звітна карта Чесапікської затоки Університету Меріленда за 2019 рік якість води в річці Раппаханнок значно впала між 2018 і 2019 роками, з рівня C до D, на основі 7 показників якості води.

The Cowpature River The Річка пасовища цілком може бути найчистішою річкою Вірджинії, а її кришталево чисті прохолодні води протягом століть заспокоювали душі жителів і гостей міста.');})();(function(){window.jsl.dh('tjfTZtaSCai0ptQP-ZuSwQw__34', '

Через високий рівень поліхлорованих біфенілів (також званих ПХБ) і ртуті, Рекомендується уникати вживання риби більше двох разів на місяць від річки Раппаханнок.

Зграї дельфінів часто можна побачити біля берега Метьюза в затоці Мобджек між Пеппер-Крік і маяком Нью-Пойнт Комфорт, а також у гирлі річки Раппаганнок. У міру потепління влітку вони рухаються далі вгору за течією річок.