АНТИМІКРОБНІ ПЕПТИДИ Ці пептиди є амфіпатичними катіонними молекулами які зв’язуються з поверхнею бактерій, принаймні частково через електростатичну взаємодію з негативними зарядами LPS. Після зв’язування пептиди сприяють проникненню бактеріальної мембрани, що призводить до загибелі клітини.

Пептиди, що проникають у клітину, — це короткі послідовності амінокислот (цеглинки, з яких утворюються білки), які несуть позитивні заряди.

Антимікробні пептиди (АМП) є захисними пептидами господаря більшість із них є катіонними (позитивно зарядженими) та амфіфільними (гідрофільними та гідрофобними) α-спіральними пептидними молекулами. Проникність мембрани в основному визнана загальновизнаним механізмом для опису дії катіонних АМФ.

Коли пептид залишається неушкодженим, акцепторна молекула погасить донорну молекулу, і флуоресценція не буде виявлена. Якщо послідовність розщеплюється активністю протеази, акцептор більше не буде гасити донор, і буде виявлено флуоресцентний сигнал.

однак, пептиди і білки мають основні і кислотні центри. Ці ділянки знаходяться на бічних ланцюгах амінокислот, частині, яка змінюється від однієї амінокислоти до іншої. У деяких випадках бічний ланцюг містить кислотну групу. Прикладами є аспарагінова кислота та глутамінова кислота.

Пептиди поглинаються ентероцитами. Амінокислоти в пептидній формі засвоюються легше, ніж вільні амінокислоти. Питання про те, чи гідролізуються ці пептиди в цитозолі ентероцита, чи вони можуть пройти неушкодженими в кровообіг, потребує більшої уваги.

Загальний або чистий заряд на пептиді просто сума зарядів кожної іонізованої групи в пептиді. Калькулятор сумарного заряду пептиду визначає заряд послідовності пептиду при заданому pH. Він використовує рівняння Хендерсона-Гассельбалха та значення pKa іонізованих груп.