Айни є нащадками народу дзьомон. Вони генетично відрізняються і не тісно пов’язані з іншими групами, але виявляють певний зв’язок із східноазіатцями, особливо з сибіряками, деякими північно-східними азіатами та деякими корінними тайванцями.30 вересня 2022 р.

Декілька ліній морфологічних доказів показали, що фізичні особливості айнів тісно пов'язані з особливостями Неолітичний народ Джомон в Японії, і тому їх вважають сучасними нащадками доземлеробських груп аборигенів на Японському архіпелазі (Ямагуті 1982; Ханіхара 1991).

Східноазіатське походження, як правило, вважається Китаєм, був найбільш поширеним у Західній Японії, поступово зменшуючись на схід, тоді як північно-східна азійська лінія була найбільш поширеною в Північно-Східній Японії, зменшуючись на захід.

Дослідження сучасних айнів припускають, що вони походять від 66% до 79,3% їхнього походження від роду Дзьомон. Інше дослідження сучасних айнів виявило, що вони походять бл. 49% їхніх предків походять безпосередньо від народу Дзьомон, бл. 22% від охотців (яких самих можна назвати 54%

Айни — корінне населення с північний регіон Японського архіпелагу, зокрема Хоккайдо.

Популяційно-генетичне дослідження, засноване на класичних ферментних маркерах, віднесло монголів до кластера Північно-Східної Азії, включаючи популяції тибетців, корейців, японців та айнів, маючи на увазі, тісний зв'язок між Монголією та Східною Азією (Каваллі-Сфорца та ін., 1994).

З 1159 відомих айнів лише близько 100 залишилися в Росії. З тих, хто залишився, тільки люди похилого віку були чистокровними айну. Інші були або змішаної раси, одружені з етнічними росіянами, або вважали себе росіянами.