Коли почалася Друга світова війна, Джин Отрі вирішив приєднатися до збройних сил і виконати свою роль. 26 липня 1942 року під час прямого ефіру свого радіошоу Melody Ranch і на прохання Пентагону, його ввели в ст
на посаді технічного сержанта.
Він був направлений до 91-ї поромної ескадрильї 555-ї армійської авіабази командування повітряного транспорту в Лав-Філді. Льотний офіцер Отрі служив у цьому підрозділі з липня 1942 р. по жовтень 1945 р. Протягом цього часу Джин виконував обов'язки пілота на вантажних літаках, включаючи AT-6s, 7s і 11s, C-104s і C-109s.
Під час Другої світової війни автр був зарахований до військово-повітряних сил армії США в 1942 році і служив до 1945 року, після чого відновив кіно та звукозаписну кар’єру.
Мерфі шукає порятунку від цього важкого життя призваний в армію в 1942 році — змінив його свідоцтво про народження так, щоб йому було 18, тобто на рік старше, ніж він був насправді. Після базової підготовки Мерфі був призначений до 15-го полку 3-ї піхотної дивізії в Північній Африці.
Ведучий «Вижив». Джефф Пробст придбав маєток Джина Отрі в Студіо Сіті за 5 мільйонів доларів. Побудований у 1949 році ковбоєм-актором-співаком лісистий ділянку площею 3,68 акра був подарований вдовою Отрі, Жаклін Отрі, Національному центру Отрі на Заході Америки.
Поки Роджерс мав відстрочку від армії через велику родину, Отрі був зарахований до військово-повітряних сил і служив у Другій світовій війні. За його відсутності Рой кинувся до вершини ковбойських зірок B.Зрештою, однак, Джин записав понад 600 пісень і продав понад 40 мільйонів платівок.