Пробірка з рестриктазою або пробірка з реакційним буфером може бути забруднена другим ферментом. Це може статися, коли той самий реакційний буфер використовується для кількох різних ферментів. Спробуйте нову пробірку з ферментом або реакційним буфером. Перевірте наявність забруднення за допомогою свіжого препарату ДНК.

Якщо інгібітор (часто сіль, EDTA або фенол) присутній, контрольна ДНК не розрізається після змішування. Також доступна додаткова допомога з усунення несправностей. Метилювання ДНК також є важливим елементом рестрикції.

Рестрикційні ферменти забезпечують захисний механізм для бактеріальної клітини, розрізаючи чужорідну ДНК, але бактеріальна ДНК також схильна до дії цих ферментів. Розрізання власної ДНК запобігає тому, що деякі нуклеотиди сайтів розпізнавання мають кепки метильних груп. Вони метильовані.

Рестрикційні ферменти, присутні в мікроорганізмах, не розрізають власну ДНК через наявність групи, що блокує травлення.

Рестрикційні ферменти для модифікації ДНК Розщеплення ДНК ферментом рестрикції може бути заблоковано або порушено, коли конкретна основа в сайті розпізнавання змінюється.

Перевірте термін придатності, переконайтеся, що рестриктазу зберігали при -20°C, і перевірте температуру морозильника (не дозволяйте температурі перевищувати -20°C, оскільки багаторазові цикли заморожування-відтавання (більше 3 циклів) можуть призвести до зниження активності ферменту).

Як працюють ферменти рестрикції? Як і всі ферменти, рестриктаза діє шляхом відповідність форми до форми. Коли він контактує з послідовністю ДНК, форма якої відповідає частині ферменту, яка називається сайтом розпізнавання, вона обертається навколо ДНК і викликає розрив обох ланцюгів молекули ДНК.