Раніше Кіммел мав стосунки зі своєю колишньою дружиною Джиною Медді-Кіммел. Вони одружилися в 1988 році і мали двох спільних дітей, 32-річну Кеті та 30-річного Кевіна. розлучення в 2002 році.1 березня 2024 р
56-річний актор і його дружина Моллі Макнірні одружилися в 2013 році. Макнірні є продюсером і співвиконавчим продюсером церемонії вручення премії «Оскар». Кіммел і МакНірні діляться двоє дітей, Біллі Кіммел і Джейн Кіммел. Кіммел також має двох дітей зі своєю колишньою дружиною Джиною Медді – Кеті Кіммел і Кевіна Кіммела.
У травні Кіммел, у якого Біллі та 9-річна дочка Джейн, з дружиною Моллі Макнірні, а також донька Кеті, 32 р, і 30-річний син Кевін зі своєю першою дружиною Джиною Медді — опублікував знімок, на якому Біллі посміхається на лікарняному ліжку.
Його син був народилася з вродженою хворобою серця, яка називається тетрадією Фалло з атрезією легень, – сказав тоді глядачам комік. «По суті, легеневий клапан був повністю заблокований, і у нього є отвір у стінці між лівою та правою сторонами серця», — пояснив він.
Наймолодша дитина Кіммела, син Вільям Джон «Біллі» Кіммел, народився 21 квітня 2017 року в Лос-Анджелесі. Через два тижні після його народження Кіммел зі сльозами розповів у ефірі Jimmy Kimmel Live! що Біллі — якого назвали на честь давнього телевізійного партнера Кіммела Гільєрмо — у віці 3 днів зробили операцію на відкритому серці. «Ми називаємо його Біллі.
У Біллі Кіммела хвороба під назвою Тетралогія Фалло, вроджена хвороба серця, при якій поєднання чотирьох вад серця впливає на нормальний кровообіг через серце, спричиняючи викачування бідної киснем крові до тіла.
Католик Кіммел є а практикуючий католик. Він публічно говорив про наявність нарколепсії. Кіммел одружився на Джині Медді в 1988 році; вони розлучилися в 2002 році. Їхня донька Кетрін народилася в 1991 році, а син Кевін народився в 1993 році.