Рекомендована глибина секвенування для бібліотек 10x 3'SC 50 000 пар читання/клітку, тому на кожен зразок знадобиться 50 мільйонів. пар зчитування на 1000 клітинок або 500 мільйонів пар зчитування на 10 000 клітинок (тобто ~1,6 смуги на HiSeq). Формат секвенування 26x8x98. (всього 132 цикли)

Глибина секвенування, також відома як глибина читання або глибина охоплення, відноситься до скільки разів певна основа (нуклеотид) у ДНК зчитується під час процесу секвенування. Іншими словами, це середня кількість секвенувань певної позиції в геномі.

Зі збільшенням глибини секвенування виявляється більше генів, але це досягає насичення на різних глибинах секвенування залежно від типу клітини. Глибина секвенування також впливає на насиченість секвенування; загалом, чим більше зчитувань секвенування, тим більше додаткових унікальних транскриптів ви можете виявити.

10 помножити на 10X означає це в середньому кожен нуклеотид у геномі секвенується 10 разів. Аналогічно, 30X просто означає, що в середньому кожен нуклеотид у геномі є послідовністю 30 разів. Це використовується для опису глибини секвенування, що важливо для інтерпретації даних секвенування.');})();(function(){window.jsl.dh('iTTUZtu_BfaxptQPj9r_gAM__49','

Відповідь: Для нових типів зразків ми рекомендуємо секвенувати мінімум 20 000 пар читання/клітку для бібліотек експресії генів Single Cell 3' і Single Cell 5'. Однак глибина секвенування, необхідна для конкретного експерименту, залежатиме від: Типу зразка (різні зразки матимуть більше або менше РНК на клітину)

Як правило, ми рекомендуємо глибину секвенування від 30 000 до 70 000 читань на клітинку для проектів 10x Genomics.