Підготовка бібліотек «парної пари» є розроблений, щоб дозволити класичне «парне» секвенування обох кінців фрагмента з початковим розміром у кілька кілобаз.

Секвенування пари партнерів передбачає генерування бібліотеки ДНК з довгими вставками з парними кінцями корисний для низки програм секвенування, включаючи: De novo секвенування. Доопрацювання геному. Виявлення структурних варіантів. Ідентифікація складних геномних перебудов.

Більші вставки (супутні пари) можуть зчитувати пари на більшій відстані. Тому вони можуть краще охоплювати регіони, що часто повторюються. Короткі зчитування парних кінців можуть заповнити прогалини, пропущені більшими парами партнерів (рис. 2).

Секвенування парних кінців передбачає побудову спеціалізована бібліотека ДНК, призначена для підвищення точності секвенування. Ця бібліотека створюється шляхом включення сайтів зв’язування праймерів секвенування на обох кінцях з’єднання ДНК. Потім процес секвенування відбувається у два раунди.

При зчитуванні з одного кінця секвенсор зчитує фрагмент лише з одного кінця до іншого, генеруючи послідовність пар основ. У парному зчитуванні він починається з одного зчитування, закінчує цей напрямок на вказаній довжині зчитування, а потім починає інший раунд зчитування з протилежного кінця фрагмента.

При секвенуванні пари партнера препарат бібліотеки дає два фрагменти, які розташовані дистально один від одного в геномі та мають протилежну орієнтацію відносно фрагмента пари партнера. Є три категорії орієнтації на читання вперед назад (FR), назад вперед (RF) і назад-назад/вперед-вперед (TANDEM).