Методи праймінгу синтезу кДНК впливають на результати Синтез першого ланцюга кДНК використовує оліго(dT), випадкові праймери або комбінацію цих стратегій для ініціації реакції зворотної транскрипції. Праймінг реакції з оліго(dT) ініціює синтез переважно на 3'-кінці фрагмента РНК.
Анотація. Щоб запустити зворотну транскрипцію, зворотні транскриптази вимагають короткого олігонуклеотиду ДНК, який називається праймером зв’язувати матрицю РНК і служити відправною точкою для синтезу нового ланцюга.
Праймери для зворотної транскрипції У двоетапній RT-PCR для зворотної транскрипції можна використовувати 3 типи праймерів та їх суміші: оліго-dT праймери (зазвичай 13–18мери), випадкові олігомери (такі як гексамери, октамери або нономери) або ген-специфічні праймери (див. таблицю «Придатність типів праймерів для RT-PCR»).
Таблиця 2. Властивості поширених зворотних транскриптаз
| Зворотна транскриптаза AMV | Сконструйована зворотна транскриптаза MMLV (наприклад, зворотна транскриптаза Invitrogen SuperScript IV) | |
|---|---|---|
| Час реакції | 60 хв | 10 хв |
| Цільова довжина | ≤5 кб | ≤12 кб |
| Відносний вихід (із складною або неоптимальною РНК) | Середній | Високий |
Буквар є коротка послідовність нуклеїнової кислоти, яка є відправною точкою для синтезу ДНК. У живих організмах праймери являють собою короткі нитки РНК. Праймер повинен бути синтезований ферментом, який називається праймазою, який є різновидом РНК-полімерази, перш ніж може відбутися реплікація ДНК.