Рівняння для гібридів РНК або РНК-ДНК такі: Tm = 79,8 + 18,5 log[Na+] + 58,4 (XG + XC) + 11,8 (XG + XC)2 – 820/L – 0,35F, а для гібридів ДНК-РНК: Tm= 79,8 + 18,5 log[Na+] + 58,4 (XG + XC) +11,8 (XG+XC)2 – 820/L – 0,50F. Ці рівняння отримано для олігоіммобілізованих цільових гібридів.
зі збільшенням вмісту GC слідує збільшення Tm через те, що G є 3 H-зв'язком із C, що вимагає більшого Tm, щоб розірвати ці зв'язки [12] .
Температуру плавлення (Tm-значення) ДНК можна легко визначити за допомогою вимірювання поглинання при 260 нм . Дисоціація пар основ призводить до збільшення поглинання. Це називається гіперхроматичним ефектом.
Зв’язки G-C сприяють більшій стабільності (підвищення температури плавлення) зв’язування праймера/матриці, ніж зв’язки A-T. Однак два комплекси праймера/матриці з ідентичним вмістом GC можуть мати різні температури плавлення, оскільки порядок основи впливає на загальну стабільність.
Для розрахунку температури плавлення (Tm) використовуються два стандартних наближених обчислення:
- Для послідовностей менше 14 нуклеотидів формула така: Tm= (wA+xT) * 2 + (yG+zC) * 4. …
- Для послідовностей, довших за 13 нуклеотидів, використовується таке рівняння: Tm= 64,9 +41*(yG+zC-16,4)/(wA+xT+yG+zC)