Отримання промоторної послідовності Щоб отримати послідовність вище за течією для певного гена, використовувати Переглядач таблиць. Введіть геном, збірку та виберіть таблицю відомих генів. Вставте назву гена або номер доступу в поле ідентифікатора. Виберіть послідовність для типу вихідного формату, а потім натисніть кнопку отримати вихідні дані.
Як правило, все між -500bp і 100bp навколо сайту початку транскрипції зазвичай вважається промоторною областю. Для організмів із анотацією транскриптів ви можете отримати послідовності за допомогою BioMart або витягти за допомогою Bedtools чи Seqkit із еталонного генома fasta.
- Ліворуч у розділі «Огляд генів» клацніть «Послідовність», буде відображено послідовність гена, включаючи 5′-фланкування, екзони, інтрони та фланкуючі області.
- Екзони підсвічуються рожевим фоном і червоним текстом, послідовність перед першим екзоном є послідовністю промотора.
Промотор, що стосується геноміки, є областю ДНК перед геном де відповідні білки (такі як РНК-полімераза та фактори транскрипції) зв’язуються, щоб ініціювати транскрипцію цього гена.
Крім генних анотацій, браузери геномів можуть відображати різні типи даних, наприклад: Послідовність ДНК: Це може бути показано як одна лінійна доріжка або як кілька доріжок, різними кольорами позначаючи різні особливості (наприклад, екзони, інтрони та повтори).
Отримання промоторної послідовності Щоб отримати висхідну послідовність для певного гена, використовувати Переглядач таблиць. Введіть геном, збірку та виберіть таблицю відомих генів. Вставте назву гена або номер доступу в поле ідентифікатора. Виберіть послідовність для типу вихідного формату, а потім натисніть кнопку отримати вихідні дані.
У комп’ютері це робиться за допомогою вагових матриць позиції (ШІМ), які порівнюються з послідовністю ДНК за допомогою такої програми, як MatInspector, яка ковзає ШІМ уздовж послідовності ДНК, щоб знайти значні збіги.