філосекв перевіряє узгодженість назв зразків і таксонів у різних слотах об’єкта phyloseq. microViz надає phyloseq_validate() для перевірки та усунення інших можливих проблем із вашим phyloseq, які можуть спричинити проблеми під час наступних аналізів.
опис. phyloseq() є метод конструктора. Це основний метод, запропонований для побудови об’єкта рівня експерименту (класу phyloseq) з його компонентних даних (компонентні класи даних: otu_table-class, sample_data-class, taxonomyTable-class, phylo-class).
Аксесуари. До компонентів об’єкта phyloseq, таких як таблиця OTU, можна отримати доступ за допомогою спеціальних функцій доступу, або «аксесорів», які повертає конкретну інформацію про дані філогенетичного секвенування, якщо такі є. Ці функції доступу доступні для прямої взаємодії користувачів і залежних функцій/пакетів.
Підручник
- Завантажте та розархівуйте папку PipelineResults із вашої роботи Nephele. …
- На панелі файлів RStudio перейдіть до каталогу вихідних даних у вашій розархівованій папці. …
- У консолі введіть таку бібліотеку (phyloseq)
- Щоб імпортувати дані як об’єкт phyloseq, використовуйте команди import_biom або import_mothur phyloseq.
Загалом відмінності мікробіомів зазвичай оцінюються за допомогою порівняння альфа- та бета-метрик різноманітності (або обох).. Показники альфа-різноманітності кількісно визначаються в межах різноманітності вибірки та можуть порівнюватися між групами.
Цитата (з R введіть цитування ("phyloseq") ): McMurdie PJ, Holmes S (2013). «phyloseq: пакет R для відтворюваного інтерактивного аналізу та графіки даних перепису мікробіомів». PLoS ОДИН, 8(4), e61217. http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0061217.