Побічні ефекти мінімальні і більшість пацієнтів не мають проблем з іонофорезом. Під час і після лікування виникає тимчасове відчуття поколювання. Якщо пацієнт раптово припинить лікування (наприклад, прибравши руку), може виникнути нешкідливий, але неприємний удар електричним струмом. Шкіра може стати занадто сухою і потрісканою.

Побічні ефекти рідкісні, але можуть включати подразнення шкіри, сухість і утворення пухирів. Поколювання може тривати навіть після закінчення лікування.

Іонофорез викликає відчуття поколювання або свербежу, в залежності від щільності струму. Окрім цих неприємних, але нешкідливих ефектів, подразнення шкіри є найпоширенішим місцевим побічним ефектом шкірного іонофорезу. Це відбувається як на аноді, так і на катоді.

Протипоказання до іонофорезу включають ті, що пов'язані з прямою електричною стимуляцією та терапевтичним агентом. Пацієнти з гіперчутливістю або побічними реакціями в анамнезі, пов’язаними з відповідним препаратом слід уникати іонофорезу збудника.

Лікування може тривати необмежений час; однак одним із основних обмежень іонофорезу є час, особливо на початку курсу лікування.

Іонофорез – це а безпечна і безболісна процедура. Деякі люди можуть відчувати побічні ефекти в результаті іонофорезу, але вони зазвичай не є серйозними. Найбільш частим побічним ефектом є сухість шкіри. На шкірі також можуть з’явитися пухирі, лущення та подразнення.

Багато разів, відмова від льоду або теплових процедур після іонофорезу рекомендується, оскільки ці процедури змінюють кровообіг у пошкодженій ділянці. Ця змінена циркуляція може «змити» ліки, які щойно були введені у ваше тіло.