Враховуючи файл вхідних інтервалів у стандартних форматах, а також файл генома, що визначає назви хромосом і їх довжину, відповідні вашим даним, bedtools summary обчислить кілька підсумкових статистичних даних, деталізовано для кожної хромосоми кількість інтервалів, загальну кількість пар основ , а частка інтервалів і …

Найпоширеніші інструменти дозволяють геномна арифметика: тобто теорія множин про геном. Наприклад, bedtools дозволяє перетинати, об’єднувати, підраховувати, доповнювати та перемішувати геномні інтервали з кількох файлів у широко використовуваних форматах геномних файлів, таких як BAM, BED, GFF/GTF, VCF.

Інструмент для покриття постільної білизни обчислює як глибину, так і ширину охоплення функцій у файлі B на об’єктах у файлі A. Наприклад, bedtools coverage може обчислити охоплення вирівнювання послідовності (файл B) через 1 кілобазу (довільне) вікно (файл A), розміщуючи цікавий геном.

bedtools було реалізовано в C++ і широко використовує структури даних і фундаментальні алгоритми зі стандартної бібліотеки шаблонів (STL).

постільники перетинаються дозволяє відстежувати збіги між двома наборами геномних ознак. Крім того, це дозволяє точно контролювати те, як повідомляються перехрестя. bedtools intersect працює з файлами BED/GFF/VCF і BAM як вхідними.

Формат BED (Browser Extensible Data). забезпечує гнучкий спосіб визначення рядків даних, які відображаються на доріжці анотацій. Рядки BED мають три обов’язкові поля та дев’ять додаткових необов’язкових полів. Кількість полів на рядок має бути однаковою для будь-якого окремого набору даних у доріжці анотації.

Перейдіть на сторінку випусків і знайдіть статичний двійковий файл під назвою bedtools. статичний. двійковий . Клацніть на ньому правою кнопкою миші, отримайте URL-адресу, а потім завантажте його за допомогою wget або curl і ти маєш бути готовим.