Мутації спостерігалися в стовбурових клітинах, які культивувалися протягом кількох поколінь, і спостерігалося, що деякі мутовані стовбурові клітини поводяться як ракові клітини. Культивовані стовбурові клітини можуть бути заражені вірусами, які передадуться пацієнту.

Ембріональні стовбурові клітини також можуть викликати імунну відповідь, під час якої організм реципієнта атакує стовбурові клітини як чужорідних загарбників, або стовбурові клітини можуть просто не функціонувати належним чином, з невідомими наслідками. Дослідники продовжують вивчати, як уникнути цих можливих ускладнень.

Опоненти стверджують, що дослідження є неетичним, т.к отримання стовбурових клітин руйнує бластоцисту, неімплантований ембріон людини на шостий-восьмий день розвитку. Як заявив Буш, наклавши вето на минулорічний законопроект про стовбурові клітини, федеральний уряд не повинен підтримувати «відбір невинних людських життів».

Суперечки навколо дослідження стовбурових клітин в першу чергу випливає з етичних і політичних проблем. Однією з головних проблем є отримання плюрипотентних ліній стовбурових клітин з ооцитів і ембріонів, що породжує суперечки про зародження людської особистості.

Дорослі стовбурові клітини є безпечним варіантом лікування. Низький ризик імунного відторгнення: дорослі стовбурові клітини, включаючи МСК, менш імовірно відторгаються імунною системою організму, ніж ембріональні стовбурові клітини, які може призвести до запалення та пошкодження тканин.

Оскільки світова економіка все більше покладається на технології та інновації, знання в галузі STEM може забезпечити значну конкурентну перевагу. Мінус: Зосередження уваги на STEM з раннього віку може обмежити вивчення студентами інших галузей, потенційно пригнічуючи інтереси до мистецтва, гуманітарних чи соціальних наук.